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Création du Secrétariat permanent pour les problèmes de pollution industrielle. Parallèlement était mis en place un plan de réduction des pollutions domestiques.
En 1980, un bassin de délimonage des eaux duranciennes est mis en service à Cadarache, limitant d’environ 50 % les apports en sédiments par le canal EDF.

Suite aux diminutions très importantes des rejets industriels, la perspective d’une réhabilitation de l’étang de Berre voit le jour. En 1989, le sous préfet d’Istres M. Gustave Mège crée un groupe de travail réfléchissant sur les possibilités de réhabilitation. Par la suite, en 1990 est mis en place, à la demande de M. Brice Lalonde, Ministre de l’Environnement, un groupe de travail au sein de la Commission Géographique « Littoral » du Comité de Bassin Rhône-Méditerranée-Corse, présidé alors par M. Henri Torre. Ce groupe a permis de faire le point sur la situation de l’étang de Berre et de formuler des propositions, faisant apparaître la nécessité de lutter contre les différentes pollutions (industrielle, domestique, rejets des eaux de la Durance par la centrale de Saint-Chamas) avec une approche globale « milieu-usages » dans le cadre du bassin versant et de l’ensemble hydraulique Durance Verdon. Il est donc proposé la mise en place d’un plan de reconquête, dans le but de parvenir à satisfaire plusieurs vocations ou usages. Les actions préconisées alors sont de :

• maîtriser les apports polluants par les rivières ;
• mieux traiter la pollution domestique des communes riveraines et du bassin versant ;
•  poursuivre l’effort de réduction de la pollution industrielle ; traiter les problèmes de pollution diffuse ;
•  modifier les conditions d’exploitation de la centrale de Saint-Chamas.

Parallèlement à cette réflexion était mis en place un suivi exceptionnel de la qualité des eaux de l’étang entre juillet et décembre 1990 afin d’établir un « bilan de santé » complet et pour « évaluer la capacité d’évolution ou de réaction de l’étang face à l’arrêt prolongé et exceptionnel de turbinage de la centrale hydroélectrique de Saint-Chamas en raison de la sécheresse ».

En septembre 1991, un référendum d’initiative locale, organisé par les élus locaux, obtient une forte majorité en faveur de l’arrêt des rejets d’eau douce et de limons duranciens par la centrale hydroélectrique de Saint-Chamas.

En 1992, l’Etat décide un plan de reconquête, dit « Plan Lalonde pour l’étang de Berre ». Dans ce cadre, EDF  effectue un certain nombre d’études :

• Réalisation d’un levé et d’une étude bathymétrique de l’étang
• Etude courantologique de l’étang
• Etude sédimentologique dans le bassin de décantation
• Identification et mise en valeur des limons de l’étang
• Etude des solutions visant à réduire les déversements de limons dans l’étang
• Etude des hypothèses visant à supprimer les rejets d’eau douce et de limons dans l’étang

• En septembre 1993, le ministre de l’environnement M. Barnier présente un plan global de reconquête, le « Plan Barnier ». Prévu pour 10 ans, il avait pour objectifs de :
• mettre en place un programme pluriannuel de suivi écologique,
• poursuivre l’effort de réduction des pollutions urbaines et industrielles,
• étudier les possibilités d’atténuation de l’impact des apports duranciens.
  Le « Plan Barnier » conduira à la création de la Mission pour la Reconquête de l’Etang de Berre (MREB). La Maîtrise d’ouvrage est assurée par L’Etat, représenté localement par le sous préfet d’Istres et la Maîtrise d’oeuvre par le Service Maritime des Bouches-du-Rhône (Cellule Qualité des Eaux Littorales) avec l’appui financier de l’Etat, de l’Agence de l’Eau, du SISEB (Syndicat Intercommunal pour la Sauvegarde de l’Etang de Berre), d’EDF, du GMIF (Groupement Maritime des Industriels de Fos), le Conseil Général et le Conseil Régional.
• Le programme de suivi écologique est mis en place en 1994.
• Un travail de réduction des pollutions est entrepris, portant à la fois sur les pollutions domestiques, les pollutions industrielles et les rejets de la centrale hydroélectrique de Saint-Chamas. Cette démarche mobilise les services de l’Etat et divers organismes. Un bilan des actions menées est établi tous les ans. Notons qu’en 1994, l’étang de Berre et son bassin versant sont identifiés par décret comme « zone sensible » au titre de la directive européenne « Eaux Résiduaires Urbaines », impliquant des contraintes particulières en termes de rejets urbains.
• Vis à vis des apports par la centrale EDF de Saint-Chamas, des mesures de limitation sont prises : baisse de 15 % des apports d’eau douce et limitation des rejets de limons à 200 000 t/an avec un seuil de matières en suspension (MeS) de 2 g/l. En 1995, ces mesures sont rendues plus restrictives pour les apports d’eau douce, limités alors à 2,1 milliards de m3/an dont 0,4 du 1er mai au 30 septembre.

En 1998, une mission d’expertise est diligentée par le MATE afin de faire le point sur l’état d’avancement du plan de reconquête et de faire des propositions afin de préparer la deuxième phase. Par le CIADT du 15 décembre 1998, le gouvernement confirme l’engagement de l’Etat dans la poursuite du plan de reconquête et décide de favoriser la constitution d’un Groupement d’Intérêt Public.
Le CIADT du 23 juillet 1999 permet au Gouvernement de réaffirmer l’objectif d’un retour à terme à un équilibre écologique durable de l’étang de Berre. Il est décidé de limiter les rejets de limons à 100 000 t/an en moyenne annuelle en portant le seuil de MeS à 1 g/l en moyenne journalière. Afin de respecter ces limitations, un ouvrage spécifique de restitution a été aménagé au niveau de Mallemort où une partie des débits – eau et limons – retournent en Durance.

Le Groupement d’Intérêt Public pour la Réhabilitation de l’Etang de Berre (GIPREB) est mis en place en mai 2000 pour assurer la maîtrise d’ouvrage des études et la coordination de la 2ème phase du plan de reconquête de l’étang de Berre par définition d’un schéma d’aménagement de l’étang qui pourra par la suite prendre la forme d’un Contrat d’étang.
Le CIADT du 9 juillet 2000 expose les premières actions à mettre en oeuvre, c’est à dire la réouverture expérimentale du tunnel du Rove à la circulation d’eau marine et l’engagement des études sur la dérivation des eaux de la Durance. En outre, le CIADT demande la mise aupoint par le GIPREB d’un programme global de réhabilitation de l’étang de Berre, allant au delà des seules questions du tunnel du Rove et des rejets EDF.

Condamnation de l’Etat français par la Commission européenne pour “pollution massive et répétée” de l’étang de Berre.

On doit à la Commission des Communautés européennes d’avoir fait constater à la Cour de justice de l’Union européenne, par un arrêt du 7 octobre 2004 que la France ne respectait pas les engagements pris pour la protection de la Méditerranée (Protocole d’Athènes, 1980, Convention de Barcelone, 1976) en autorisant les rejets d’eau douce de la centrale EDF de Saint-Chamas dans l’étang de Berre. En citant à plusieurs reprises les conclusions des scientifiques émises dans le rapport du GIPREB « Bilan des connaissances, 2002 », la Cour reconnaît que ces rejets représentent une pollution massive pour l’étang de Berre et impose à l’État français de prendre des mesures correctives. Cette décision est la plus forte qui ait été prise pour l’étang de Berre. Le 19 décembre 2005, la Commission européenne adresse à l’État français une mise en demeure de faire cesser la pollution de l’étang de Berre, jugeant insuffisantes les nouvelles modalités de rejets d’EDF. Sous la menace d’une astreinte financière, en février 2006, la France répond aux injonctions des institutions européennes en proposant une régulation des apports en eau douce. Cette solution est acceptée par la Commission européenne sous couvert d’un suivi par un comité d’expert et de la Commission pour une durée de 4 ans.

2005 : une nouvelle série de quotas, plus contraignante, est imposée à EDF pour la gestion de la centrale de Saint-Chamas. (1,2 milliards d’eau douce et 60 000 tonnes de limons)

Suppression de la station d’épuration d’Istres, mise aux normes des stations de Vitrolles et de Miramas

Elaboration du Contrat d’étang de Berre.

Le Gipreb est chargé des études scientifiques portant sur l’évolution de l’écosystème de la lagune de Berre. Il coordonne et participe aux actions de restauration ou de développement des usages (nautisme, pêche, randonnées …). Il sensibilise et informe sur ces actions. Il porte le projet Natura 2000.