Suite aux diminutions très importantes des rejets industriels, la perspective d’une réhabilitation de l’étang de Berre voit le jour. En 1989, le sous préfet d’Istres M. Gustave Mège crée un groupe de travail réfléchissant sur les possibilités de réhabilitation. Par la suite, en 1990 est mis en place, à la demande de M. Brice Lalonde, Ministre de l’Environnement, un groupe de travail au sein de la Commission Géographique « Littoral » du Comité de Bassin Rhône-Méditerranée-Corse, présidé alors par M. Henri Torre. Ce groupe a permis de faire le point sur la situation de l’étang de Berre et de formuler des propositions, faisant apparaître la nécessité de lutter contre les différentes pollutions (industrielle, domestique, rejets des eaux de la Durance par la centrale de Saint-Chamas) avec une approche globale « milieu-usages » dans le cadre du bassin versant et de l’ensemble hydraulique Durance Verdon. Il est donc proposé la mise en place d’un plan de reconquête, dans le but de parvenir à satisfaire plusieurs vocations ou usages. Les actions préconisées alors sont de :
- maîtriser les apports polluants par les rivières ;
- mieux traiter la pollution domestique des communes riveraines et du bassin versant ;
- poursuivre l’effort de réduction de la pollution industrielle ; traiter les problèmes de pollution diffuse ;
- modifier les conditions d’exploitation de la centrale de Saint-Chamas.
Parallèlement à cette réflexion était mis en place un suivi exceptionnel de la qualité des eaux de l’étang entre juillet et décembre 1990 afin d’établir un « bilan de santé » complet et pour « évaluer la capacité d’évolution ou de réaction de l’étang face à l’arrêt prolongé et exceptionnel de turbinage de la centrale hydroélectrique de Saint-Chamas en raison de la sécheresse ».